Für das Nummerieren von Dateien bietet Rename Expert viele Einstellmöglichkeiten. Es kann zwischen einer fortlaufenden Nummerierung oder einer zufälligen Reihenfolge gewählt werden. Der Startwert beinhaltet bereits die Anzahl der führenden Nullen und könnte beispielsweise aus dem Wert "001" oder dem Wert "1000" bestehen. Die Anzahl der führenden Nullen kann auch im Nachhinein für Dateien mit einer bereits bestehenden Nummerierung angepasst werden. Der Wert, um den sich die Nummer nach jeder Anwendung auf einen Datei- oder Ordnernamen ändert, wird über den Parameter Schritt festgelegt.
Weiterhin besteht die Möglichkeit, zum Nummerieren anstelle von Ziffern Buchstaben zu verwenden (z.B. "AAA"). Ordner und Dateitypen können separat nummeriert werden. Für Dateien, bei denen der Dateiname aus sich wiederholenden Werten, wie z.B. dem Datum besteht, kann eine bedingte Nummerierung verwendet werden. Diese wird nur dann in den Dateinamen eingefügt, wenn der Name bereits vergeben ist.